El Jardín forma parte del Centro Cultural Santo Domingo, que ocupa el antiguo convento que fue construido en los siglos XVI y XVII para los frailes dominicos. Considera que para entrar debes tomar alguna de las visitas guiadas, de lunes a sábado, en un horario de 10:00, 12:00 y 17:00 hrs. El cupo máximo por cada recorrido es de 20 personas, y deberás pagar un donativo de $50 pesos.
En el Jardín Etnobotánico encontraras en vivo cientos de especies de plantas, todas ellas originarias de Oaxaca. Se comenzaron a plantar en julio de 1998.
El terreno donde se encuentra el jardín fue parte de la antigua huerta del Convento.
Durante la época de Juárez y hasta el año de 1994, este espacio fue ocupado como militar y dentro construyeron estacionamientos, canchas deportivas y las instalaciones se usaron como habitaciones.